Après avoir été impliquée dans un complot terroriste mondial, l’agence Mission Impossible est contrainte de cesser ses activités. Le « Protocole Fantôme » est mis en place : Ethan Hunt et sa nouvelle équipe doivent opérer dans le secret pour blanchir le nom de leur organisation. Aucune aide, aucun contact, isolation totale. Cette mission va s'avérer être la plus dangereuse et la plus intense qu'ils aient eu à remplir.